npm run buildした後にManifest: Line 1, column: 1, Unexpected token

これはcrossorigin記述が抜けている事で起こる問題です。
ユーザの資格情報を必要とするマニフェストを読み取るときには指定する必要があります。

// Location: public/index.html

// ERROR
<link rel="manifest" href="%PUBLIC_URL%/manifest.json">

// OK
<link rel="manifest" crossorigin="use-credentials" href="%PUBLIC_URL%/manifest.json">

一年前のReact Appではこのエラーは起きません。
バージョンアップ時には気をつけましょう。